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余曉文:九年找到水稻“自私的基因”

畜牧家禽網(wǎng)  來源:中國青年報 閱讀數(shù):

  近日,國際頂級學術(shù)期刊《科學》發(fā)表突破性成果,在植物體內(nèi)報道“自私基因”,解開了困擾水稻研究多年的雜種不育難題。

  論文的第一作者是南京農(nóng)業(yè)大學農(nóng)學院博士余曉文,這距離他“咬”定這一難題已過去整整9年。在這場科研馬拉松里,秉持“做科研只有第一,沒有第二”的信念,余曉文的每一天都在“趕跑”。

  9年前的6月,本科剛畢業(yè),余曉文就一褲管“插”進水稻田,幫師兄到田里插秧,收集實驗樣本。“那年收割的時候,水稻枝梗粗壯,原本應是大豐收,但很多稻谷是空的”。

  稻穗“空果”,其實就是“雜種不育”現(xiàn)象,這正是余曉文的導師、南京農(nóng)業(yè)大學萬建民院士團隊研究了20多年的水稻雜種優(yōu)勢利用遇到的難題。

  萬建民介紹,與秈秈雜交水稻相比,秈粳雜交水稻可進一步提高單產(chǎn)15%至30%,然而,同時會出現(xiàn)花粉不育、小穗結(jié)實率低、子粒不飽滿等雜種不育現(xiàn)象。“結(jié)實率80%是前提,如果達不到這個標準,就沒法實現(xiàn)增產(chǎn)”。

  “一定是哪些基因控制了雜交稻不結(jié)實!”余曉文渴望找出原因。

  這塊“硬骨頭”比想象中的還要難啃。2009年,余曉文發(fā)現(xiàn)世界上被報道的水稻雜種不育相關位點有50來個,但被克隆到的基因只有兩個。這些雜種不育位點大部分只被報道了大致的遺傳位置,誰都可以做,就看誰能先做出來。

  科研“無人區(qū)”的探索注定是考驗心智和毅力的。初期的表型考察和遺傳群體分析就讓余曉文花了兩年的時間。想要找到目的基因所在的區(qū)間,需要在很大的遺傳群體中去篩查重組單株。取葉片進行基因型分析,還要采集相應植株的稻花觀察花粉是否可育。

  很多人不知道水稻也會開花——水稻的穎花是淡黃色的,長在枝梗上,外觀像小簇的狗尾巴草,個頭比芝麻還小,采集的時候必須先固定,然后借助顯微鏡觀察,否則真看不出來。

  水稻花期一般一周左右,由于研究對象是雄花,必須在一周內(nèi)完成樣品采集,否則至少要再等半年。

  水稻的開花期在七八月,正值南京火熱的夏季,稻田濕熱,余曉文和師兄妹們要“扎”進稻田一株一株精挑細選,多的時候,一天采兩三千份樣品,無異于“蒸籠”地里做“繡花”, 逐個編號收集,穎花樣品取回來,通過顯微鏡觀察是否可育。

  白天“蒸籠”地里忙“繡花”,晚上顯微鏡下“穿針線”。“一天要看300個樣,每個至少重復3次,每天觀察統(tǒng)計實驗將近1000次。”余曉文坦言,強度大的時候,一天下來頭昏眼花。

  實驗的目的在于證實或者證偽科研假設。證實的話,當然功夫不負有心人,可證偽了呢?余曉文笑笑,“那就只能將一個夏天的實驗過程推翻重來。”

  2013年,余曉文找到了讓花粉恢復可育的基因ORF3,這樣的成果足以在國際學術(shù)期刊發(fā)表一篇高水平論文,申請?zhí)崆爱厴I(yè)了。但田里的“秕谷”在余曉文的腦海中不停閃現(xiàn),ORF3的發(fā)現(xiàn)真的足以揭示雜種不育的分子機制么?如果沒有與其相互制約的毒性基因,又是誰導致花粉不育呢?

  余曉文覺得可能又面臨“山重水復疑無路”。未來會怎樣?只能一搏!

  2014年,南京農(nóng)業(yè)大學首次推行優(yōu)秀博士學位論文創(chuàng)新工程資助,通過一定的經(jīng)費補助鼓勵優(yōu)秀博士生科研“不斷檔”,繼續(xù)深入探索,余曉文留了下來。

  當時基因編輯技術(shù)應用尚不成熟,余曉文只能用傳統(tǒng)的方法,在很大的群體中進行復雜又嚴密的遺傳分析。

  “看文獻——提假設——與導師討論——驗證或推翻假設”,余曉文終于找到了讓他“激動好幾個晚上都睡不著覺”的“MM純合近等基因系”。

  他將這一發(fā)現(xiàn)講給導師萬建民聽。萬建民立即拍板,“非常有意思!”并鼓勵他借鑒跨學科的方法,繼續(xù)深入下去。

  在中國農(nóng)業(yè)科學院作物科學研究所王海洋、吳傳銀等專家的幫助下,余曉文為40多年前就被提出的水稻雜種不育遺傳假說找到了強有力的證明。

  余曉文發(fā)現(xiàn),是ORF2這一“狠毒”的基因?qū)е禄ǚ蹟∮?,更有意思的是,ORF2和ORF3這兩個功能相反基因竟然緊密相連,并且來自同一個親本材料,它們共同作用,使得雜交后代攜帶這兩個基因的個體數(shù)顯著偏多。

  參考動物相關研究,這是一種典型的“自私基因”遺傳模型——經(jīng)典的孟德遺傳定律認為,來自雙親的基因應當相等概率地分配給下一代,然而“自私基因”會打破均衡,導致“孩子更像某一方”,而不是“一半像爸爸,一半像媽媽”。

  余曉文的發(fā)現(xiàn),第一次突破性地運用“自私基因”模型解釋了水稻雜種不育現(xiàn)象。

  2016年是余曉文深感壓力的一年。這一年孩子出生,妻子為支持他,辭去工作照顧孩子和家庭,他的研究還有一塊硬骨頭沒啃完。

  為了方便來去實驗室,夫妻倆在離中國農(nóng)科院實驗室不遠的地方租住了一間很小的房子。北京三環(huán)內(nèi)的房租很高,余曉文的補貼勉強湊夠房租和家用。

  每年的10月到次年的3月,余曉文像“候鳥”一樣,遷徙到位于海南的南繁基地潛心研究。孩子出生前,余曉文連續(xù)4年春節(jié)沒回過老家陪父母。

  孩子快1歲時,他將老婆孩子接到南京,但只要導師一個消息,余曉文就一頭“扎”回北京的實驗室。

  “穿著短袖去的,套著羽絨服回來”,雖然夫妻倆早已適應這樣的節(jié)奏,可這次,快一歲半的孩子卻認不出爸爸了。余曉文很心酸。他暗自較勁兒,再努力一點、再加快一點!

  2017年11月,余曉文將積累8年的成果投給國際頂級權(quán)威期刊《科學》。不到一個月,《科學》期刊編輯寄來了一封回執(zhí)——從摘要到圖注全部詳細修改,這讓整個課題組都為之振奮。共同通訊作者、導師王海洋激動萬分,“頭一次見到!說明編輯對此文非常感興趣!”

  2013年發(fā)現(xiàn)“MM純合近等基因系”是余曉文最激動的時刻,但直到此時,他的科研故事才算相對完整地告一段落,這些年一直懸在心中的石頭也落了下來。

  余曉文并不是團隊的第一位“長駐”博士。南京農(nóng)業(yè)大學農(nóng)學院院長朱艷教授說,“作物育種本身就是一項周期漫長的工作,要想出大成果,再怎么努力都需要這個時間。”

  南京農(nóng)業(yè)大學農(nóng)學院鼓勵學生從本科實踐創(chuàng)新項目開始,就明確知道自己在干什么,從本科畢業(yè)論文開始就能定好研究方向,到碩士和博士階段就要自己來主導研究。

  “博士期間科研有彎路、沒進展,這很正常。”朱艷說,一要打好基礎,二是必須具備良好的抗壓力和意志力。學校沒辦法覆蓋到的好的研究,學院通過資助和獎勵來補上。

  在南京農(nóng)業(yè)大學農(nóng)學院,頻繁的匯報和交流是雷打不動的“規(guī)矩”。“余曉文的研究,就是在多次匯報碰撞以后,導師才覺得要有好成果了”。

  團隊之間每周一次小交流、每月一次大交流。每年一兩次的學院范圍的大交流都要持續(xù)兩三天,所有研究生都可以對某個成果提問或給出建議,“我們不贊成導師學生一對一的培養(yǎng)模式,我們強調(diào)大團隊意識,高領域的成果必須是交叉協(xié)同的。” 朱艷說。

  博士生要勇攀前沿,必定有大量交叉學科,余曉文的研究就涉及遺傳學、分子生物學、進化生物學、作物學等多個學科。不論理論積累或?qū)嶒灱夹g(shù),都需要花時間去琢磨。

  “坐不住冷板凳的學生,不會來我的團隊”。萬建民院士說,團隊發(fā)掘的水稻半不育基因PSS1花了18年;而水稻部分顯性矮桿多分蘗基因D53則花了25年。

  論文發(fā)出的第二天,本應是最該分享喜悅的時刻,余曉文卻又一早回到試驗田,開始新一季的水稻插秧。

  9年前,同樣在這塊地里,他下決心要“啃”下硬骨頭向難題“宣戰(zhàn)”。如今,余曉文試圖將這場“馬拉松”繼續(xù)跑下去:一是驗證這一成果到底能為百姓的飯碗增加多少口糧;同時探尋毒蛋白與解毒蛋白這對“歡喜冤家”,究竟還隱藏多少不為人知的秘密。

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