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選擇植株生長健壯、群體整齊、無倒伏、無病蟲害的田塊作留種田。留種荸薺在完全成熟后收獲，選取外形扁圓端正、表皮光滑無破損、皮色紅褐一致、球莖飽滿、芽頭粗壯、單果重15克以上的球莖作種薺。催芽育苗前，再進行二次選種。推薦使用荸薺組培苗栽培。
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